根据现有信息，杭州吴山烤禽有限公司及其分店情况如下：

杭州吴山烤禽有限公司总店

位于上城区吴山路62号（湖滨银泰in77C座附近），是杭州最知名的吴山烤鸡门店，以排队等候时间较长著称。

分店数量

- 吴山路分店（曾用名：杭州吴山烤禽联合公司吴山分店）：成立于1990年，位于光复路，2023年因经营问题注销。 - 世纪联华超市档口：

吴山烤禽进驻的超市门店。 - 其他分店：包括上城区湖墅南路店等。

分支机构总数

通过企查查等平台显示，杭州吴山烤禽有限公司共有 12家分支机构，但需注意其中部分企业可能已注销或变更。

注：

不同统计口径（如是否包含超市档口、是否仅限实体店）可能导致分店数量差异，建议以实际地理位置为准。